สืบเนื่องจากการที่รัฐบาลมีนโยบาย และยุทธศาสตร์ ที่มุ่งสร้างเสถียรภาพ และความมั่นคง ในการพัฒนาเศรษฐกิจ และสังคมของประเทศ จึงมีปัญหาเร่งด่วนที่ต้องแก้ไข และงานพัฒนาเชิงรุก ที่ต้องริเริ่มเพื่อประโยชน์สุข ของประชาชนในระยะยาว และเนื่องจากความรู้ และภูมิปัญญาของบุคลากรในประเทศ เป็นองค์ประกอบที่สำคัญยิ่ง ในการบริหารประเทศ ดังนั้นหากมีกลไก ที่สามารถดึงภูมิปัญญา จากสถาบันอุดมศึกษา ซึ่งเป็นแหล่งที่มีความหลากหลาย และอุดมสมบูรณ์ด้วย ทรัพยากรคลังสมอง รวมทั้งจากจุดอื่นๆ มาร่วมกันคิด ร่วมกันทำ ก็จะยังประโยชน์ให้กับ การพัฒนาประเทศโดยรวม ได้อย่างมีประสิทธิภาพ และยั่งยืนสมตามนโยบายแห่งรัฐ นอกจากนี้ ยังสามารถใช้ฐานความรู้ ที่มีอยู่ในการแก้ปัญหา และค้นคิดวิธีการใหม่ๆ เพื่อสร้างมูลค่าเพิ่ม ทางด้านวิชาการ และการประยุกค์ใช้ให้แก่สังคม และยังเป็นการส่งเสริม และสนับสนุน ภูมิปัญญาท้องถิ่นของไทยอีกด้วย สถาบันคลังสมองของชาติ จึงได้รับการจัดตั้งขึ้น เพื่อระดมความรู้ ความเชี่ยวชาญ ของอุดมศึกษา และหน่วยงานอื่นๆ ของสังคม เพื่อช่วยกันแก้ปัญหา และริเริ่มแนวทาง การพัฒนาใหม่ๆ ให้กับประเทศ